关于数据库（MySQL 和 SQLite）在 PHP 5 中有些改变。
因为授权和维护问题，PHP 5 中不再默认绑定 MySQL 客户端连接库。 本质上讲， PHP 的 configure 不再包含 --with-mysql 选项， 所以需要在编译 PHP 的时候自己手动加上选项。 Windows 用户需要编辑 php.ini 开启 PHP 4 中不存在的 php_mysql.dll DLL 文件，因为之前内置于 PHP 二进制文件中。
有个新扩展库 MySQLi（改良版 MySQL），设计用来工作于 MySQL 4.1 及更高版本之下。
自 PHP 5 起，SQLite 扩展库内置在 PHP 中。SQLite 是一个可嵌入 SQL 数据库引擎，不是客户端连接库用来连接大型数据库服务器（如 MySQL 或 PostgreSQL）的。SQLite 库直接读写磁盘上的数据库文件。