Большинство изменений в PHP 5.6.x никак не скажутся на существующем коде. Есть несколько несовместимостей и новых особенностей, которые должны быть учтены. Также необходимо протестировать код перед проведением миграции в промышленных средах.
Смотрите также руководство по миграции для версий PHP 5.0.x, 5.1.x, 5.2.x, 5.3.x, 5.4.x и 5.5.x.