În PHP 5 au survenit unele schimbări în privința bazelor de date (MySQL și SQLite).
În PHP 5 bibliotecile clientului MySQL nu sunt încorporate din cauza problemelor de licențiere și mentenanță. MySQL este susținut cu unica modificare că această susținere nu este activată implicit în PHP 5. Aceasta în esență înseamnă că PHP nu include opțiunea --with-mysql în linia de configurare și deci trebuie să o includeți manual la compilarea PHP. Utilizatorii Windows vor trebui să redacteze php.ini și să activeze biblioteca php_mysql.dll deoarece în PHP 4 un astfel de DLL nu exista, ci era pur și simplu încorporat în binarele PHP sub Windows.
De asemenea este o nouă extensie, MySQLi (MySQL îmbunătățit), care este proiectat să lucreze cu MySQL 4.1 și ulterior.
Începând cu PHP 5, extensia SQLite este încorporată în PHP. SQLite este un motor de baze de date SQL ușor încorporabil și nu este o bibliotecă-client utilizată pentru conectarea la un server mare de baze de date (ca MySQL sau PostgreSQL). Biblioteca SQLite citește și înscrie direct în fișierele cu baza de date de pe disc.