Hubo algunos cambios en PHP 5 relacionados con bases de datos (MySQL y SQLite).
En PHP 5 las bibliotecas de cliente MySQL no están incorporadas debido a problemas de licencia y mantenimiento. MySQL tiene soporte siendo el único cambio que dicho soporte ya no está habilitado de forma predeterminada en PHP 5. Esto esencialmente significa que PHP no incluye la opción --with-mysql en la línea configure, por lo que ahora se ha de hacerlo manualmente al compilar PHP. Los usuarios de Windows necesitarán editar php.ini y habilitar la DLL php_mysql.dll, ya que dicha DLL no existía en PHP 4, simplemente estaba integrada en los binarios de PHP para Windows.
Hay también una nueva extensión, MySQLi (MySQL mejorado), diseñada para funcionar con MySQL 4.1 y superior.
A partir de PHP 5, la extensión SQLite viene incorporada en PHP. SQLite es un motor de bases de datos empotrable. No es una biblioteca cliente que se use para conectar a un gran servidor de bases de datos (como MySQL o PostgreSQL). La biblioteca SQLite lee y escribe directamente a y de la base de datos en el disco.