Wenn PHP als Apache-Modul eingesetzt wird, übernimmt es die Benutzerrechte des Apache (üblicherweise die des Users "nobody"). Das hat verschiedene Auswirkungen auf Sicherheit und Authentifizierung. Wenn Sie beispielsweise via PHP auf eine Datenbank zugreifen, müssen Sie dem Benutzer "nobody" Zugriffsrechte auf die Datenbank erteilen, es sei denn, diese Datenbank hat eine integrierte Zugriffskontrolle. Das heißt, dass ein böswilliges Skript auch ohne Benutzerkennung und Passwort auf die Datenbank zugreifen und sie verändern könnte. Es ist durchaus möglich, dass ein Web-Spider über die Webseite eines Datenbankadministrators stolpert und alle Ihre Datenbanken löscht. Sie können sich dagegen mit Apache-Authentifizierung schützen, oder ein eigenes Zugangsmodell unter Verwendung von LDAP, .htaccess Dateien etc. entwerfen, und diesen Code als Teil Ihrer PHP-Skripte einbinden.
Ist erst einmal eine Sicherheitsstruktur bis zu dem Punkt eingerichtet, an dem der PHP-User (in diesem Falle der Apache-User) nur noch ein geringes Risiko darstellt, hat man meist die Situation, dass PHP gehindert wird, beliebige Dateien in das Benutzerverzeichnis zu schreiben. Oder vielleicht ist PHP dann nicht mehr in der Lage, auf Datenbanken lesend oder verändernd zuzugreifen. In gleicher Weise wird auch verhindert, "gute" oder "bösartige" Dateien zu schreiben, oder "gute" bzw. "bösartige" Datenbanktransaktionen durchzuführen.
Ein an diesem Punkt oft geöffnetes Sicherheitsloch ist die Zuweisung von Root-Rechten an den Apache-Prozess oder die Ausweitung der Rechte des Apache auf anderem Wege.
Die Ausweitung der Benutzerrechte für Apache auf root ist extrem gefährlich und kann das gesamte System kompromittieren, daher sollten Prozesse, die wie sudo oder chroot mit Rootrechten arbeiten, niemandem zugänglich sein, der kein Sicherheitsprofi ist.
Es gibt deutlich einfachere Lösungen. Mit open_basedir können Sie kontrollieren, welche Verzeichnisse PHP benutzen darf oder nicht. Sie können auch einen Bereich nur für Apache einrichten, um alle webbasierten Aktivitäten auf dem System oder nicht dem Benutzer gehörende Dateien zu verhindern.